닥터 M의 해저 기지에서 구조되어 온 마인드코어 소닉과 켄은 자신들의 원래 개발자나 파일럿을 되찾지는 못하지만, 도운과 리모의 보살핌에 아픔을 이겨내고 또봇의 몸을 받아 대도시의 영웅으로서 새롭게 활동을 시작한다. 한편, 해저 서버를 잃은 닥터 M은 인터넷과 연결된 모든 컴퓨터를 자신의 서버로 이용하기 위해 컴퓨터를 좀비로 만드는 바이러스를 확산시키는 한편, 카사장 일당을 시켜 바이러스의 존재를 눈치챈 사람들을 공격한다. 닥터 M의 음모를 알고 있는 것은 마리솔이라는 소녀. 할아버지인 마각진 박사가 사고로 입원한 후, 우연히 그의 노트북을 통해 또봇 스틸과 친구가 된 리솔은 또봇 스틸이 카사장의 습격으로 행방불명이 되자 대도시의 또봇 본부를 찾아와 도움을 청한다. 또봇들은 리솔을 도와 또봇 스틸을 구하고, 또봇 스틸과 합체하면 헤비메탈이 된다는 또봇 크롬과 또봇 아이언도 찾으려 한다. 그러나 닥터 M은 또봇의 마인드코어를 망가뜨릴 수 있는 하트브레이커라는 로봇을 개발해 또봇을 위기로 몰아넣고, 또봇 스틸은 ‘할아버지 대신 함께 닥터 M을 물리치자’는 리솔을 파일럿으로 삼기를 거부하며, 마각진 박사에 대한 충격적인 비밀을 폭로한다. 도운과 리모가 좀비 바이러스에 대항할 백신을 완성해 클로버그룹의 데이터센터를 통해 배포하려 하자, 닥터 M은 메가톤이라는 거대 로봇을 보내 데이터센터를 공격한다. 또봇들은 데이터센터를 지키려 하지만 메가톤의 위력에 고전하고, 헤비메탈을 완성하기 위해 파일럿 없이 또봇 아이언을 찾으러 간 또봇 스틸은 카사장 일당과 하트브레이커에게 마인드코어를 파괴당할 상황에 놓인다. 같은 시각, 홀로 집에 돌아갔던 리솔은 또봇 스틸에 대한 걱정을 떨치지 못해 다시금 대도시로 발걸음을 옮기는데...