이탈리아 어부들이 지중해 한 가운데에서 등에 두 발의 총상을 입은 채 표류하고 있는 한 남자(Jason Bourne: 맷 데이먼 분)를 구하게 된다. 그는 의식을 찾게 되지만 기억 상실증에 걸려 자신이 누구인지 조차 모른다. 그가 누구인지 알 수 있는 단서는 등에 입은 총상과 살 속에 숨겨져 있던 스위스 은행의 계좌번호 뿐... 자신의 존재를 찾아 스위스로 향한 그는 은행에 보관되어 있는 자신의 소지품을 살펴본다. 그는 자신이 파리에서 ‘제이슨 본’이라는 이름으로 살았음을 알게 되지만, 여러 개의 가명으로 만들어진 여권을 보고 자신의 실명과 국적 또는 정체성을 잃게 된다. ‘케인’이라는 이름으로 만들어진 미국 여권을 가지고 미대사관으로 향하지만 경찰들과 심지어 군인들까지 그를 추적하고 있다는 사실을 알게 된 제이슨 본. 그들의 추격을 피해 도망가다 대사관에서 우연히 만나게 된 마리(Marie Kreutz: 프랭카 포텐테 분)라는 여성에게 2만 달러라는 거금을 주고 파리까지 차를 얻어 타게 된다. 어떤 거대한 조직이 자신을 살해할 목적으로 추적하고 있다는 사실을 알게 된 제이슨 본은 마리를 보호하는 한편, 자신이 어떠한 인물이었는지를 아는 것이 이 위험으로부터 벗어나는 길이라 믿게 된다. 하지만 그는 자신이 어떠한 사람이었는지 과거를 찾아가면 찾아갈 수록 수수께끼 같은 미궁 속으로 빠져드는 음모와 가공할 위협이 그를 기다리고 있는 것을 알게 되는데.